菏泽市的旧房维修基金收费是分三个阶段进行的，具体如下：
第一阶段，旧房交易时收取基金
在菏泽市，旧房在交易时，需要向房屋维修基金账户中缴纳一定的维修基金，具体数额为房屋总价的2%。例如，一套售价100万元的旧房，在交易时需要缴纳2万元的维修基金。
第二阶段，每年按照房屋面积收取基金
除了在交易时缴纳维修基金外，对于已经交纳了维修基金的旧房，每年还需要按照房屋面积向维修基金账户中再次缴纳一定的基金。具体标准是，每平方米每年缴纳0.3元。例如，一套面积为100平方米的旧房，每年需要缴纳30元的维修基金。
第三阶段，出现维修问题时按比例缴纳基金
在旧房出现维修问题时，房主需要向维修基金账户中再次缴纳一定的基金。具体数额根据修缮费用的比例来定，标准为：“修缮费用小于等于2000元的，按照修缮费用的90%缴纳；修缮费用大于2000元的，按照修缮费用的85%缴纳。”
菏泽市的旧房维修基金收费是按照房屋总价、房屋面积和修缮费用的比例进行缴纳的，旨在为房屋维修基金账户积累一定的资金，以保证旧房的日常维修和管理工作的顺利进行。
